【ImageJ】ImageJ Fijiを使う〜まとめ

この記事では、ImageJの使い方に関する記事をまとめていきます。

ImageJ・画像解析の基本

◉ ImageJとは？ImageJ（Fiji）のインストールの仕方

生命科学の分野で画像解析！ImageJFijiをインストールしよう

2021.4.8

生命科学系の分野で、「画像解析」といえば「ImageJ」ですよね。 ImageJの上位互換で「Fiji」と言うソフトがあるのをご存知でしたか？ （実は、ImageJだけをずっと使い続けていた私は「Fiji」の存在を最近まで知りませんでした...） ImageJとFijiの違い、ImageJとFiji...

ImageJでできること

◉ ImageJで細胞を数える

【ImageJ】細胞の核を数える#1 〜手動で数える方法とかかる時間

2021.7.25

「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJ。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 この記事ではDAPIで核...

◉ 輝度によって背景と対象物を区別する

【ImageJ】細胞の核を数える#2〜輝度によって核と背景を区別する

2021.7.29

「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJですよね。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 この記事では、...

◉ プラグインを導入する

【ImageJ】細胞の核を数える 番外編〜新しいプラグインを導入する

2021.8.5

ImageJの醍醐味といえば、もともと入っているツールだけではなくさまざまな解析ツールを導入して自分に合ったものにカスタマイズできることです。 『【ImageJ】細胞の核を数える』シリーズでは「輝度閾値」を使って核と背景を区別して数を数えていました。 核が重なっている場合、「輝度閾値」を設定すると大...

◉プラグイン「Adjustable Watershed」を使う

【ImageJ】細胞の核を数える 番外編〜Adjustable Watershedを使う

2021.8.8

「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動で核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第一弾として、ImageJのプラグインである「Adjustable Watershed」を使っていきます。 ImageJで使う...

◉プラグイン「Interactive Watershed」を使う

【ImageJ】細胞の核を数える 番外編〜Interactive Watershedを使う

2021.8.26

「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動での核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第二弾として、ImageJプラグインである「Interactive Watershed」を使っていきます。 第一弾はこちら↓...

◉ マクロを使って細胞を自動で数える

【ImageJ】細胞の核を数える #4〜ついに完成！マクロを使って細胞計数をする

2021.10.7

「【ImageJ】ImageJマクロを使う」シリーズでまとめてきた知識を使って、細胞を計数するマクロを組んで動かしていきましょう。 マクロの内容としては、 フォルダを選択 結果を保存するフォルダを作る 画像を開いてプラグインであるInteractive Watershedで2値化 領域を計数 計数...

ImageJマクロを組む

◉ ImageJマクロとは？

【ImageJ】ImageJマクロを使う #0〜ImageJマクロとは？

2021.9.12

生命科学系の画像解析にはImageJは欠かせません。 特に、解析を自動化するときにはマクロを動かして解析したほうが断然早いし、効率的。 しかも、テキストの形でどのようにプログラムを組んだのかわかるので追試がしやすい！ しかしながら、生物系ではプログラミングを本格的に扱う授業はとっても少ないし、「プ...

◉ ImageJマクロの関数と変数

【ImageJ】ImageJマクロを使う #2〜関数と変数とは？

2021.9.9

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使う上で出てくる「関数と変数」についてです。 「関数と変数」って言われても、数学のこと？って感じですよね。 プログラミングの関数って言われても「？」って思...

◉ ImageJマクロのif文とfor文の書き方

◉ ImageJでの操作をマクロとして記録する

【ImageJ】細胞の核を数える #3〜解析用マクロを記録する

2021.8.29

「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJですよね。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 ImageJを...

◉ ImageJマクロでディレクトリを選択する

【ImageJ】ImageJマクロを使う #3〜ディレクトリを選択する

2021.9.5

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使ってディレクトリの操作をできるようにしていきます。 「ディレクトリの操作」って言われても、プログラミングをよく知らない人にとっては「？」っという感じだ...

◉ ImageJマクロでディレクトリ内のファイルリストを取得する

【ImageJ】ImageJマクロを使う #5〜フォルダ内のファイルリストを取得する

2021.9.19

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したフォルダの中にあるファイルのリストを取得するをできるようにしていきます。 選択したフォルダの中にあるファイルリストが取得できれば、そのフォル...

◉ ImageJマクロで新しいフォルダを作る

【ImageJ】ImageJマクロを使う #4〜選択したディレクトリにフォルダを作る

2021.9.16

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリにフォルダを作るをできるようにしていきます。 「細胞の核を数える」シリーズで描いたフローチャートの「ココ」の部分をやっていき...

◉ ImageJマクロでサブフォルダがあるかどうかを判定する

【ImageJ】ImageJマクロを使う #6〜if文でサブフォルダがあるかを判定する

2021.9.23

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内にサブフォルダがあるかどうかを確認するをできるようにしていきます。 基本的なif文の使い方、作り方をマスターしていきましょう。...

◉ ImageJマクロで解析結果に名前をつけて保存する

【ImageJ】ImageJマクロを使う #7〜解析結果を名前をつけて保存する

2021.9.26

ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って解析した結果に名前をつけるをできるようにしていきます。 基本的には、ファイルリストを取得して文字列をいじるだけなのですが... この次にやるfor文の...

◉ ImageJマクロでディレクトリ内の画像ファイルを全て解析する

【ImageJ】ImageJマクロを使う #8〜for文を使ってフォルダ内のファイルを順番に解析する

2021.9.30

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内のフォルダを順番に開いていくをできるようにしていきます。 基本的なfor文の使い方、作り方がマスターできれば、フォルダ内に画像...

◉ 自分で作ったマクロをImagJに組み込む

【ImageJ】細胞の核を数える #5〜作ったマクロをImageJFijiに組み込む

2021.10.10

ImageJで細胞の核を数えるシリーズもいよいよ佳境です。 今回は、「作ったマクロをImageJ Fijiでいつでも使えるようにする」をできるようにしていきます。 せっかく作ったマクロでも、コードを毎回開いてから使うのでは大変です。 マクロを保存して、ImageJの「Plugin」からいつでも開...