【RStudio】RStudioを使う #2〜プログラムを書き始める前にフローチャートを書く

『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。

第二弾の今回は、「Rでプログラムを書く前の方針を決める」をしていきます。

ImageJを使って細胞を計数して出力された結果を元に、グラフを描いていくための方針をフローチャートを使って決めていきましょう。

ImageJで細胞を解析するプログラムについてはこちらの記事をご覧ください。

【ImageJ】細胞の核を数える #4〜ついに完成！マクロを使って細胞計数をする

2021.10.7

「【ImageJ】ImageJマクロを使う」シリーズでまとめてきた知識を使って、細胞を計数するマクロを組んで動かしていきましょう。 マクロの内容としては、 フォルダを選択 結果を保存するフォルダを作る 画像を開いてプラグインであるInteractive Watershedで2値化 領域を計数 計数...

　「RStudioを使う」シリーズは、Rを触るのが始めての人に向けて生命科学系の統計処理に必要な基本的なR言語の扱い方をまとめていきます。

RStudioのインストール方法はこちらをご覧ください。

生命科学系の解析をするなら！ーRStudioをインストールする

2021.4.11

他の人とは一味違うグラフが描きたい、統計解析をしっかりしたい方！ RStudioをインストールしましょう。 私は学生時代に「R」をインストールして使ったりしていたのですが、「R言語」に対する知識が無さすぎて、簡単な解析しかできませんでした... そもそも、「R」がプログラミング言語であることもよくわ...

RStudioを使ってどんなグラフを描きたいのか？

まずプログラムを書く前に考えなければいけないのは、「どんなグラフ」を描きたいか？です。

今回は、

・ImageJを使って手動での計数結果とマクロでの計数結果に差があるかどうか？

・同じ写真を解析しているのでその解析結果がどうなったのか？

が視覚化できるグラフを作っていきたいと思っています。

イメージ的にはこんな感じ。

このグラフを書くために必要なことは...

といったところでしょうか。

今わかる範囲で手順をフローチャートに落とし込んでいく

先ほどまとめた「グラフを書くために必要なこと」をプログラム用のフローチャートに落とし込んでいきます。

ざっくり書くとこんな感じ。

なんでわざわざRStudioでグラフを描くの？

一応、表計算ソフトを使って手動とマクロの結果の比較はしています。

【ImageJ】細胞の核を数える #6〜手動とマクロの計数結果を比較する

2021.10.14

『【ImageJ】細胞を数えるシリーズ』では、ImageJで細胞を計数マクロを組んでいくことを目標としてやってきました。 第4弾で計数するマクロが完成し、第5弾でImageJ Fiji上で使えるようにしました。 第6弾の今回は、手動で計数した結果とマクロの計数結果を比較していきます。 せっかくマク...

が、

なぜRStudioを使って書き直す必要があるのでしょうか？

RStudioでグラフを描けるようになることのメリットとしては...

・複雑な統計処理の結果をすぐに描いたグラフに反映できる

・表計算ソフトで描くよりもキレイなグラフが作れる

さらにRを使えるようになっておけば、NGS（next generation sequencing）のデータ処理も苦なくできるようになります。

プログラミング初心者にとってはかなりハードルは高いかもしれません。

逆に一歩踏み入れれば調べても訳がわからなかったソースコードが簡単に読めるようになってきます。

一緒にR言語の「いろは」を勉強していきましょう！

方針は立てられたので、次回からは作成したフローチャートの順番でコードを書いてきます。