ImageJで細胞の核を数えるシリーズもいよいよ佳境です。
今回は、「作ったマクロをImageJ Fijiでいつでも使えるようにする」をできるようにしていきます。
せっかく作ったマクロでも、コードを毎回開いてから使うのでは大変です。
マクロを保存して、ImageJの「Plugin」からいつでも開けるようにしてしまいましょう。
このシリーズの目標は、ImageJでマクロを組んで細胞の計数を自動化することです。第五回として、作ったImageJマクロをImageJFiji上でいつでも使えるようにしていきます。
作ったマクロを保存する
今回は例として、細胞計数のために作ったマクロを保存していきます。
作ったマクロの全体はこちらの記事で紹介しています。
マクロを開いた状態でFile -> SaveAsで作ったマクロを保存していきます。
マクロの拡張子は"ijm"です。
ファイルを保存する場所は、
（Macの場合）Applications -> Fiji -> plugins
の中にします。
マクロを保存した後に、ImageJ Fijiを再起動してみます。
Pluginの中に、保存したマクロの名前がありました。
画像を一気に解析
「細胞の核を数える」シリーズの初回で数えた画像全30枚を一気に解析していきましょう。
解析している様子はこちら。
30枚の解析に、2分45秒でした。
手動でやった場合は、約37分だったので1/10以下まで短縮できました。
マクロを組む時間も考慮すると、何回も繰り返し行う作業だったらマクロを組んだ方が良さそうです。
次回は、ImageJでマクロを組んで解析した結果と、手動で解析した結果を比較してみます。
