「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使う上で出てくる「関数と変数」についてです。 「関数と変数」って言われても、数学のこと？って感じですよね。 プログラミングの関数って言われても「？」って思う人が多いのではない...
研究の現場の記事一覧
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使ってディレクトリの操作をできるようにしていきます。 「ディレクトリの操作」って言われても、プログラミングをよく知らない人にとっては「？」っという感じだと思います。 （私も...
「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJのマクロを使って細胞の計数を自動化することを目標にしています。 どんな方法を使って解析するのか？の方針は立てられました。 この記事では、マクロを作る前に具体的にどんな手順にするか？をフローチャートに起こしていきます。（プログラミングでは手順をフローチャート...
「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJですよね。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 ImageJをまだインストールして...
「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動での核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第二弾として、ImageJプラグインである「Interactive Watershed」を使っていきます。 第一弾はこちら↓ ImageJで使う...
「生物学」と「生命科学」の違いを説明できますか？ 先日、Twitterを見ていたらタイムラインに面白そうな本の紹介のツイートが流れてきました↓。 七夕🎋の本日めでたく発行となりました！⭐️ 『小説みたいに楽しく読める生命科学講義』 （石浦章一／著） 生命科学を学ぶ本質は自分の...
「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動で核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第一弾として、ImageJのプラグインである「Adjustable Watershed」を使っていきます。 ImageJで使うプラグインを知ってお...
ImageJの醍醐味といえば、もともと入っているツールだけではなくさまざまな解析ツールを導入して自分に合ったものにカスタマイズできることです。 『【ImageJ】細胞の核を数える』シリーズでは「輝度閾値」を使って核と背景を区別して数を数えていました。 核が重なっている場合、「輝度閾値」を設定すると大きな領域が1つとなっ...
塩基配列を扱うとき（プラスミドの設計、シークエンス結果の確認）に、どのようなソフトを使っていますか？ 「GENETYX」や「SnapGene」はかなり使い勝手が良いのですが有料... ソフトを使わずになんとかやろうとして、テキストエディタやMicrosoft Wordを使っている方もいらっしゃるかも知れません。 そんな...
「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJですよね。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 この記事では、人の目とコンピュータ...
