『【ImageJ】細胞を数えるシリーズ』では、ImageJで細胞を計数マクロを組んでいくことを目標としてやってきました。 第4弾で計数するマクロが完成し、第5弾でImageJ Fiji上で使えるようにしました。 第6弾の今回は、手動で計数した結果とマクロの計数結果を比較していきます。 せっかくマクロを組んで自動化して...
研究の現場の記事一覧
ImageJで細胞の核を数えるシリーズもいよいよ佳境です。 今回は、「作ったマクロをImageJ Fijiでいつでも使えるようにする」をできるようにしていきます。 せっかく作ったマクロでも、コードを毎回開いてから使うのでは大変です。 マクロを保存して、ImageJの「Plugin」からいつでも開けるようにしてしまい...
「【ImageJ】ImageJマクロを使う」シリーズでまとめてきた知識を使って、細胞を計数するマクロを組んで動かしていきましょう。 マクロの内容としては、 フォルダを選択 結果を保存するフォルダを作る 画像を開いてプラグインであるInteractive Watershedで2値化 領域を計数 計数結果をcsvファイル...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使ってInteractive Watershedの引数を設定するをできるようにしていきます。 プラグインであるInteractive Watershedをmacroを使って...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内のフォルダを順番に開いていくをできるようにしていきます。 基本的なfor文の使い方、作り方がマスターできれば、フォルダ内に画像データがどんなにたく...
ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って解析した結果に名前をつけるをできるようにしていきます。 基本的には、ファイルリストを取得して文字列をいじるだけなのですが... この次にやるfor文の確認にもなるので先に...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内にサブフォルダがあるかどうかを確認するをできるようにしていきます。 基本的なif文の使い方、作り方をマスターしていきましょう。 「細胞の核を数え...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したフォルダの中にあるファイルのリストを取得するをできるようにしていきます。 選択したフォルダの中にあるファイルリストが取得できれば、そのフォルダの中にいくつファイ...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリにフォルダを作るをできるようにしていきます。 「細胞の核を数える」シリーズで描いたフローチャートの「ココ」の部分をやっていきます。 フォルダを作...
生命科学系の画像解析にはImageJは欠かせません。 特に、解析を自動化するときにはマクロを動かして解析したほうが断然早いし、効率的。 しかも、テキストの形でどのようにプログラムを組んだのかわかるので追試がしやすい！ しかしながら、生物系ではプログラミングを本格的に扱う授業はとっても少ないし、「プログラミング」という...
