【ImageJ】細胞の核を数える #4〜ついに完成！マクロを使って細胞計数をする

2021年10月7日 2021年10月6日

えいこ

「【ImageJ】ImageJマクロを使う」シリーズでまとめてきた知識を使って、細胞を計数するマクロを組んで動かしていきましょう。

マクロの内容としては、

フォルダを選択
結果を保存するフォルダを作る
画像を開いてプラグインであるInteractive Watershedで2値化
領域を計数
計数結果をcsvファイルとして保存する

です。

　このシリーズの目標は、ImageJでマクロを組んで細胞の計数を自動化することです。第四回として、ImageJマクロを使って解析、結果の保存までして行ってしまいましょう。

組んできたImageJマクロの振り返り

組みたいマクロの概要は、フローチャートを書いてまとめています。

フローチャートの書き方はこちらの記事をご覧ください。

【ImageJ】細胞の核を数える番外編〜マクロ用のフローチャートを作る

2021.9.2

「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJのマクロを使って細胞の計数を自動化することを目標にしています。どんな方法を使って解析するのか？の方針は立てられました。この記事では、マクロを作る前に具体的にどんな手順にするか？をフローチャートに起こしていきます。（プログラミングでは...

それぞれの関連記事は、

です。

今まで書いてきたコードを組み合わせて最終的な細胞計数用のマクロを組んでいきましょう。

Interactive Watershedの解析をfor文に入れる

「【ImageJ】ImageJマクロを使う#9」では、プラグインであるInteractive Watershedをマクロで動かす方法をまとめました。

これをfor文の中に入れて、画像の数だけ繰り返し処理できるようにしていきましょう。

ImageJマクロのfor文とif文に関してはこちらの記事にまとめています。

書いたコードはこちら、

//解析をする画像が入っているフォルダを選ぶ
showMessage("Select Analyze Folder");
chooseDir = getDirectory("Choose a Directory");

//カウントの結果を保存するフォルダを作る
a = split(chooseDir, "/");
resultFolder = replace(chooseDir, a[a.length-1], "count_results");
File.makeDirectory(resultFolder);

//フォルダ内のファイルリストを取得する
filelist = getFileList(chooseDir);

//for文で繰り返し処理する
for (i = 0; i &lt; filelist.length; i++) {
	//画像を開く
	open(chooseDir+filelist[i]);
	
	//解析結果の名前をつける
	name = getTitle();
	extension = indexOf(name, ".");
	title = substring(name, 0, extension);
	newname =  title + "_count_result";

	//解析のプログラム
	//画像を8-bitにする
	run("8-bit");
	run("H_Watershed", "impIn=[name] hmin=12.0 thresh=24.0 peakflooding=100.0 outputmask=true allowsplitting=true");

	//解析方法の設定
	run("Set Measurements...", "area mean redirect=None decimal=3");
	run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display exclude clear include summarize add");

	//Summaryウィンドウの結果を保存
	selectWindow("Summary");
	saveAs("Results", resultFolder+newname+".csv");
	close(newname+".csv");

	//画像ウィンドウを消す
	close();
	close(name);

	//ResultsとROI Managerのウィンドウを消す
	close("Results");
	close("ROI Manager");
}

//解析をする画像が入っているフォルダを選ぶ

showMessage("Select Analyze Folder");

chooseDir = getDirectory("Choose a Directory");

//カウントの結果を保存するフォルダを作る

a = split(chooseDir, "/");

resultFolder = replace(chooseDir, a[a.length-1], "count_results");

File.makeDirectory(resultFolder);

//フォルダ内のファイルリストを取得する

filelist = getFileList(chooseDir);

//for文で繰り返し処理する

for (i = 0; i < filelist.length; i++) {

//画像を開く

open(chooseDir+filelist[i]);

//解析結果の名前をつける

name = getTitle();

extension = indexOf(name, ".");

title = substring(name, 0, extension);

newname = title + "_count_result";

//解析のプログラム

//画像を8-bitにする

run("8-bit");

run("H_Watershed", "impIn=[name] hmin=12.0 thresh=24.0 peakflooding=100.0 outputmask=true allowsplitting=true");

//解析方法の設定

run("Set Measurements...", "area mean redirect=None decimal=3");

run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display exclude clear include summarize add");

//Summaryウィンドウの結果を保存

selectWindow("Summary");

saveAs("Results", resultFolder+newname+".csv");

close(newname+".csv");

//画像ウィンドウを消す

close();

close(name);

//ResultsとROI Managerのウィンドウを消す

close("Results");

close("ROI Manager");

}

書いたコードを動かしてみましょう。

動画プレーヤー

Media error: Format(s) not supported or source(s) not found

ファイルをダウンロード: https://eiko-lab.com/wp-content/uploads/2021/10/imageJ_cell_count_4_1.mp4?_=1

00:00

ボリューム調節には上下矢印キーを使ってください。

という感じで解析ができるようになりました。

おまけ：サブフォルダがある場合、ない場合

上のコードだけで解析して行っても良いのですが、下の図のようにサブフォルダを作ってその中に画像が入っている場合もありますよね。

それを一気に解析できた方が何かと使い勝手が便利だったりします。

そこでサブフォルダがある場合には、サブフォルダ①を開いて中の画像を解析して、次にサブフォルダ②を開いて中の画像を解析して...ということができるようにしてしまいましょう。

まずは選んだフォルダにサブフォルダがあるかどうかを判定して、サブフォルダがある場合とない場合の条件分岐を書いていきましょう。

サブフォルダがあるかどうかをif文で判定する方法はこちらの記事で紹介しています。

【ImageJ】ImageJマクロを使う #6〜if文でサブフォルダがあるかを判定する

2021.9.23

「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内にサブフォルダがあるかどうかを確認するをできるようにしていきます。基本的なif文の使い方、作り方をマスターしていきましょう。...

サブフォルダがある場合はサブフォルダの個数回for文を回して解析をして、サブフォルダがない場合はその直下の画像ファイルの数だけ解析をするコードにしていきます。

組んだコードはこんな感じ、

//解析をする画像が入っているフォルダを選ぶ
showMessage("Select Analyze Folder");
chooseDir = getDirectory("Choose a Directory");

//カウントの結果を保存するフォルダを作る
a = split(chooseDir, "/");
resultFolder = replace(chooseDir, a[a.length-1], "count_results");
File.makeDirectory(resultFolder);

//フォルダ内のファイルリストを取得する
list = getFileList(chooseDir);



if (endsWith(list[0], "/")){
	print("サブフォルダがあります");
	
	for (j = 0; j &lt; list.length; j++) {
		analyzeDir = chooseDir+list[j]; //新しい変数にサブフォルダのパスを入れる
		//print(analyzeDir);
		filelist = getFileList(analyzeDir); //サブフォルダ内のファイルリストを取得する
		//Array.print(filelist);
		sub = split(list[j],"/"); //サブフォルダの名前を取得する
		//Array.print(sub);
		sub = sub[0]+"_"; //サブフォルダの名前に"_"をつけたもの
		print(sub);

		//for文で繰り返し処理する
		for (i = 0; i &lt; filelist.length; i++) {
			//画像を開く
			open(analyzeDir+filelist[i]);
	
			//解析結果の名前をつける
			name = getTitle();
			extension = indexOf(name, ".");
			title = substring(name, 0, extension);
			newname =  sub + title + "_count_result";

			//解析のプログラム
			//画像を8-bitにする
			run("8-bit");
			run("H_Watershed", "impIn=[name] hmin=12.0 thresh=24.0 peakflooding=100.0 outputmask=true allowsplitting=true");

			//解析方法の設定
			run("Set Measurements...", "area mean redirect=None decimal=3");
			run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display exclude clear include summarize add");

			//Summaryウィンドウの結果を保存
			selectWindow("Summary");
			saveAs("Results", resultFolder+newname+".csv");
			close(newname+".csv");

			//画像ウィンドウを消す
			close();
			close(name);

			//ResultsとROI Managerのウィンドウを消す
			close("Results");
			close("ROI Manager");
		}
	}	
}else{
	print("サブフォルダはありません");
	analyzeDir = chooseDir;
	filelist = getFileList(chooseDir);
	sub = "";
}
//for文で繰り返し処理する
for (i = 0; i &lt; filelist.length; i++) {
	//画像を開く
	open(analyzeDir+filelist[i]);
		
	//解析結果の名前をつける
	name = getTitle();
	extension = indexOf(name, ".");
	title = substring(name, 0, extension);
	newname =  sub + title + "_count_result";

	//解析のプログラム
	//画像を8-bitにする
	run("8-bit");
	run("H_Watershed", "impIn=[name] hmin=12.0 thresh=24.0 peakflooding=100.0 outputmask=true allowsplitting=true");

	//解析方法の設定
	run("Set Measurements...", "area mean redirect=None decimal=3");
	run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display exclude clear include summarize add");

	//Summaryウィンドウの結果を保存
	selectWindow("Summary");
	saveAs("Results", resultFolder+newname+".csv");
	close(newname+".csv");

	//画像ウィンドウを消す
	close();
	close(name);

	//ResultsとROI Managerのウィンドウを消す
	close("Results");
	close("ROI Manager");
}

100

//解析をする画像が入っているフォルダを選ぶ

showMessage("Select Analyze Folder");

chooseDir = getDirectory("Choose a Directory");

//カウントの結果を保存するフォルダを作る

a = split(chooseDir, "/");

resultFolder = replace(chooseDir, a[a.length-1], "count_results");

File.makeDirectory(resultFolder);

//フォルダ内のファイルリストを取得する

list = getFileList(chooseDir);

if (endsWith(list[0], "/")){

print("サブフォルダがあります");

for (j = 0; j < list.length; j++) {

analyzeDir = chooseDir+list[j]; //新しい変数にサブフォルダのパスを入れる

//print(analyzeDir);

filelist = getFileList(analyzeDir); //サブフォルダ内のファイルリストを取得する

//Array.print(filelist);

sub = split(list[j],"/"); //サブフォルダの名前を取得する

//Array.print(sub);

sub = sub[0]+"_"; //サブフォルダの名前に"_"をつけたもの

print(sub);

//for文で繰り返し処理する

for (i = 0; i < filelist.length; i++) {

//画像を開く

open(analyzeDir+filelist[i]);

//解析結果の名前をつける

name = getTitle();

extension = indexOf(name, ".");

title = substring(name, 0, extension);

newname = sub + title + "_count_result";

//解析のプログラム

//画像を8-bitにする

run("8-bit");

run("H_Watershed", "impIn=[name] hmin=12.0 thresh=24.0 peakflooding=100.0 outputmask=true allowsplitting=true");

//解析方法の設定

run("Set Measurements...", "area mean redirect=None decimal=3");

run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display exclude clear include summarize add");

//Summaryウィンドウの結果を保存

selectWindow("Summary");

saveAs("Results", resultFolder+newname+".csv");

close(newname+".csv");

//画像ウィンドウを消す

close();

close(name);

//ResultsとROI Managerのウィンドウを消す

close("Results");

close("ROI Manager");

}

}else{

print("サブフォルダはありません");

analyzeDir = chooseDir;

filelist = getFileList(chooseDir);

sub = "";

}

//for文で繰り返し処理する

for (i = 0; i < filelist.length; i++) {

//画像を開く

open(analyzeDir+filelist[i]);

//解析結果の名前をつける

name = getTitle();

extension = indexOf(name, ".");

title = substring(name, 0, extension);

newname = sub + title + "_count_result";

//解析のプログラム

//画像を8-bitにする

run("8-bit");

run("H_Watershed", "impIn=[name] hmin=12.0 thresh=24.0 peakflooding=100.0 outputmask=true allowsplitting=true");

//解析方法の設定

run("Set Measurements...", "area mean redirect=None decimal=3");

run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display exclude clear include summarize add");

//Summaryウィンドウの結果を保存

selectWindow("Summary");

saveAs("Results", resultFolder+newname+".csv");

close(newname+".csv");

//画像ウィンドウを消す

close();

close(name);

//ResultsとROI Managerのウィンドウを消す

close("Results");

close("ROI Manager");

}

コード自体がちょっと長くなってしまいましたが...

15, 16行目で中にサブフォルダがあるかどうかを判断しています。

18行目で、サブフォルダの数を"list.length"で取得、

19行目で新しい変数である"analyzeDir"にサブフォルダのパスを入れています。

21行目でサブフォルダ内のファイルリストを取得、

23-26行目にサブフォルダの名前を取ってきて解析ファイルの先頭につけられる形にしています。

62行目からはサブフォルダがない場合の操作。

サブフォルダがない場合は、今まで組んできたコードがそのまま動くようにしています。

サブフォルダがある場合と同じ解析プログラムを動かすために、変数を書き換えています。

もっと短くかっこよくするためには、解析コードを関数にするのが良いかと思いますがとりあえず動くことが大事だと思っているので、今回はこのままにしました。

完成！マクロを動かす

コードが完成したので、動かしてみておしまいにしたいと思います。

動画プレーヤー

Media error: Format(s) not supported or source(s) not found

ファイルをダウンロード: https://eiko-lab.com/wp-content/uploads/2021/10/imageJ_cell_count_4_2.mp4?_=2

00:00

ボリューム調節には上下矢印キーを使ってください。

完成！

次回は、組んだマクロの保存方法についてまとめます。

ImageJを立ち上げたらいつでも使えるようにしておきましょう。

ImageJではじめる生物画像解析

posted with ヨメレバ

三浦耕太/三浦耕太学研メディカル秀潤社 2016年03月25日頃

今までのImageJを使った細胞計数法の検討についてはこちらの記事をご覧ください。

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