画像解析 【ImageJ】細胞の核を数える #6〜手動とマクロの計数結果を比較する 2021年10月14日 『【ImageJ】細胞を数えるシリーズ』では、ImageJで細胞を計数マクロを組んでいくことを目標としてやってきました。 第4弾で計数するマクロが完成し、第5弾でImageJ Fiji上で使えるようにしました。 第6弾の今回は、手動で計数した結果とマクロの計数結果を比較していきます。 せっかくマクロを組んで自動化して... えいこ
画像解析 【ImageJ】細胞の核を数える #5〜作ったマクロをImageJFijiに組み込む 2021年10月10日 ImageJで細胞の核を数えるシリーズもいよいよ佳境です。 今回は、「作ったマクロをImageJ Fijiでいつでも使えるようにする」をできるようにしていきます。 せっかく作ったマクロでも、コードを毎回開いてから使うのでは大変です。 マクロを保存して、ImageJの「Plugin」からいつでも開けるようにしてしまい... えいこ
画像解析 【ImageJ】細胞の核を数える #4〜ついに完成!マクロを使って細胞計数をする 2021年10月7日 「【ImageJ】ImageJマクロを使う」シリーズでまとめてきた知識を使って、細胞を計数するマクロを組んで動かしていきましょう。 マクロの内容としては、 フォルダを選択 結果を保存するフォルダを作る 画像を開いてプラグインであるInteractive Watershedで2値化 領域を計数 計数結果をcsvファイル... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #9〜Interactive Watershedの引数を設定する 2021年10月3日 「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使ってInteractive Watershedの引数を設定するをできるようにしていきます。 プラグインであるInteractive Watershedをmacroを使って... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #8〜for文を使ってフォルダ内のファイルを順番に解析する 2021年9月30日 「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内のフォルダを順番に開いていくをできるようにしていきます。 基本的なfor文の使い方、作り方がマスターできれば、フォルダ内に画像データがどんなにたく... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #7〜解析結果を名前をつけて保存する 2021年9月26日 ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って解析した結果に名前をつけるをできるようにしていきます。 基本的には、ファイルリストを取得して文字列をいじるだけなのですが... この次にやるfor文の確認にもなるので先に... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #6〜if文でサブフォルダがあるかを判定する 2021年9月23日 「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内にサブフォルダがあるかどうかを確認するをできるようにしていきます。 基本的なif文の使い方、作り方をマスターしていきましょう。 「細胞の核を数え... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #5〜フォルダ内のファイルリストを取得する 2021年9月19日 「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したフォルダの中にあるファイルのリストを取得するをできるようにしていきます。 選択したフォルダの中にあるファイルリストが取得できれば、そのフォルダの中にいくつファイ... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #4〜選択したディレクトリにフォルダを作る 2021年9月16日 「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリにフォルダを作るをできるようにしていきます。 「細胞の核を数える」シリーズで描いたフローチャートの「ココ」の部分をやっていきます。 フォルダを作... えいこ
画像解析 【ImageJ】ImageJマクロを使う #0〜ImageJマクロとは? 2021年9月12日 生命科学系の画像解析にはImageJは欠かせません。 特に、解析を自動化するときにはマクロを動かして解析したほうが断然早いし、効率的。 しかも、テキストの形でどのようにプログラムを組んだのかわかるので追試がしやすい! しかしながら、生物系ではプログラミングを本格的に扱う授業はとっても少ないし、「プログラミング」という... えいこ