統計

『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第三弾の今回は、「ディレクトリ内のファイルリストを取得する」をしていきます。 ついでに、ディレクトリ内のファイルの拡張子を指定して開けるようにしてしまいましょう。 RStudioを使う#2で...

『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第二弾の今回は、「Rでプログラムを書く前の方針を決める」をしていきます。 ImageJを使って細胞を計数して出力された結果を元に、グラフを描いていくための方針をフローチャートを使って決めていき...

『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第一弾の今回は、「RStudioを使って解析したデータを読み込む」をしていきます。 ImageJを使って細胞を計数するプログラムを書きましたが、結果がcsvファイルで出力されています。 今回は...

実験データが出たら、統計処理をしますよね？ 統計処理をするときに出てくる、「パラメトリック」と「ノンパラメトリック」って何が違うのかわからないことがあるのでは無いでしょうか。 この記事では、パラメトリック検定とノンパラメトリック検定の違いについて簡単にまとめていきます。 「パラメトリック」「ノンパラメトリック」とは？ ...

大学の生命科学系の学科では必ず「（生物）統計学」という講義があって、統計学の基礎は学部生の間に習います。 が、実際に使う場面を想定した講義ではないため、多くの学生さんは試験が終わったらすぐに頭の中から記憶は消え失せてしまうのではないでしょうか？（わたしだけ？） 現役の研究者の中でも、出したデータをなんとなーく統計処理し...

生命科学のデータを出す時に、条件Aと条件Bを比較して違いがあるかどうかを示すことが多いのではないでしょうか？ 例えば、「薬剤を添加したもの、添加していないもの」、「変異があるか、ないか」、「変異型、野生型」などなど... 一般的に「違いがあるかどうか」を示す時には、仮説検定が行われます。 よく知られているものに、t検定...

他の人とは一味違うグラフが描きたい、統計解析をしっかりしたい方！ RStudioをインストールしましょう。 私は学生時代に「R」をインストールして使ったりしていたのですが、「R言語」に対する知識が無さすぎて、簡単な解析しかできませんでした... そもそも、「R」がプログラミング言語であることもよくわからずに使っていたん...

実験データを示すとき、あなたはどんなグラフを使いますか？ もちろん実験系によって様々です。 薬剤投与における継時的変化を追うのであれば折れ線グラフを、二つの群の分布の違いを表したいときには散布図を使ったりしますよね。 生命科学の世界で最も一般的行われるのは、「2つの群（もしくはそれ以上）のある値を比較する」こと。そのた...

私たちに身近なグラフといえば、日々更新される新型コロナウィルスでの新規感染者の推移となってしまいましたね。 このグラフは推移を表していて数値は一つに決まってしまうのでエラーバーはついていません。 しかし、科学の世界ではエラーバーがついていないデータは信用に値しないとみなされてしまいます。 エラーバーに標準偏差（SD）と...

二つの変数に関連・関係性があるかどうかを言うためには、「相関係数を計算する」と言うステップを踏みます。 科学の論文などでは「濃度依存的に遺伝子の発現が変化する」と言いたい時には、ただ棒グラフや散布図を見せるだけではなく、「薬剤の濃度」と「遺伝子の発現量」の相関係数を計算する必要があります。 他にも「ある2つのタンパク質...