『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第四弾の今回は、「Rでfor文を書く」をしていきます。 プログラミング言語でfor文と言えば、同じ作業を繰り返し行える処理のことです。 ImageJマクロでもfor文を書いていますが、言語によ...
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解析の部屋の記事一覧
『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第三弾の今回は、「ディレクトリ内のファイルリストを取得する」をしていきます。 ついでに、ディレクトリ内のファイルの拡張子を指定して開けるようにしてしまいましょう。 RStudioを使う#2で...
『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第二弾の今回は、「Rでプログラムを書く前の方針を決める」をしていきます。 ImageJを使って細胞を計数して出力された結果を元に、グラフを描いていくための方針をフローチャートを使って決めていき...
この記事では、ImageJの使い方に関する記事をまとめていきます。 ImageJ・画像解析の基本 ◉ ImageJとは？ImageJ（Fiji）のインストールの仕方 ImageJでできること ◉ ImageJで細胞を数える ◉ 輝度によって背景と対象物を区別する ◉ プラグインを導入する ◉プラグイン「Adjust...
『【RStudio】RStudioを使う』シリーズでは、RStudioを使ってデータの統計処理、グラフの描画をしていきます。 第一弾の今回は、「RStudioを使って解析したデータを読み込む」をしていきます。 ImageJを使って細胞を計数するプログラムを書きましたが、結果がcsvファイルで出力されています。 今回は...
『【ImageJ】細胞を数えるシリーズ』では、ImageJで細胞を計数マクロを組んでいくことを目標としてやってきました。 第4弾で計数するマクロが完成し、第5弾でImageJ Fiji上で使えるようにしました。 第6弾の今回は、手動で計数した結果とマクロの計数結果を比較していきます。 せっかくマクロを組んで自動化して...
ImageJで細胞の核を数えるシリーズもいよいよ佳境です。 今回は、「作ったマクロをImageJ Fijiでいつでも使えるようにする」をできるようにしていきます。 せっかく作ったマクロでも、コードを毎回開いてから使うのでは大変です。 マクロを保存して、ImageJの「Plugin」からいつでも開けるようにしてしまい...
「【ImageJ】ImageJマクロを使う」シリーズでまとめてきた知識を使って、細胞を計数するマクロを組んで動かしていきましょう。 マクロの内容としては、 フォルダを選択 結果を保存するフォルダを作る 画像を開いてプラグインであるInteractive Watershedで2値化 領域を計数 計数結果をcsvファイル...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使ってInteractive Watershedの引数を設定するをできるようにしていきます。 プラグインであるInteractive Watershedをmacroを使って...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリ内のフォルダを順番に開いていくをできるようにしていきます。 基本的なfor文の使い方、作り方がマスターできれば、フォルダ内に画像データがどんなにたく...
