「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したフォルダの中にあるファイルのリストを取得するをできるようにしていきます。 選択したフォルダの中にあるファイルリストが取得できれば、そのフォルダの中にいくつファイ...
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「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使って選択したディレクトリにフォルダを作るをできるようにしていきます。 「細胞の核を数える」シリーズで描いたフローチャートの「ココ」の部分をやっていきます。 フォルダを作...
生命科学系の画像解析にはImageJは欠かせません。 特に、解析を自動化するときにはマクロを動かして解析したほうが断然早いし、効率的。 しかも、テキストの形でどのようにプログラムを組んだのかわかるので追試がしやすい！ しかしながら、生物系ではプログラミングを本格的に扱う授業はとっても少ないし、「プログラミング」という...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使う上で出てくる「関数と変数」についてです。 「関数と変数」って言われても、数学のこと？って感じですよね。 プログラミングの関数って言われても「？」って思う人が多いのではない...
「ImageJマクロを使う」シリーズでは、ImageJを使って生命科学系の画像解析をするにあたって必要な知識をまとめていきます。 今回は、マクロを使ってディレクトリの操作をできるようにしていきます。 「ディレクトリの操作」って言われても、プログラミングをよく知らない人にとっては「？」っという感じだと思います。 （私も...
「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJのマクロを使って細胞の計数を自動化することを目標にしています。 どんな方法を使って解析するのか？の方針は立てられました。 この記事では、マクロを作る前に具体的にどんな手順にするか？をフローチャートに起こしていきます。（プログラミングでは手順をフローチャート...
「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJですよね。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 ImageJをまだインストールして...
「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動での核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第二弾として、ImageJプラグインである「Interactive Watershed」を使っていきます。 第一弾はこちら↓ ImageJで使う...
「生物学」と「生命科学」の違いを説明できますか？ 先日、Twitterを見ていたらタイムラインに面白そうな本の紹介のツイートが流れてきました↓。 七夕🎋の本日めでたく発行となりました！⭐️ 『小説みたいに楽しく読める生命科学講義』 （石浦章一／著） 生命科学を学ぶ本質は自分の...
「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動で核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第一弾として、ImageJのプラグインである「Adjustable Watershed」を使っていきます。 ImageJで使うプラグインを知ってお...
