「【ImageJ】細胞の核を数える」シリーズでは、ImageJを使って自動で核の数を数えることを目指しています。 この記事では、輝度閾値で選択した核の領域を分割する方法の模索第一弾として、ImageJのプラグインである「Adjustable Watershed」を使っていきます。 ImageJで使うプラグインを知ってお...
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解析の部屋の記事一覧
ImageJの醍醐味といえば、もともと入っているツールだけではなくさまざまな解析ツールを導入して自分に合ったものにカスタマイズできることです。 『【ImageJ】細胞の核を数える』シリーズでは「輝度閾値」を使って核と背景を区別して数を数えていました。 核が重なっている場合、「輝度閾値」を設定すると大きな領域が1つとなっ...
塩基配列を扱うとき（プラスミドの設計、シークエンス結果の確認）に、どのようなソフトを使っていますか？ 「GENETYX」や「SnapGene」はかなり使い勝手が良いのですが有料... ソフトを使わずになんとかやろうとして、テキストエディタやMicrosoft Wordを使っている方もいらっしゃるかも知れません。 そんな...
「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJですよね。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 この記事では、人の目とコンピュータ...
「細胞を数えたいとき」ってどうしていますか？ 核をDAPIやHoechstなどで染色して蛍光顕微鏡で撮影して、解析するのが一般的なのではないでしょうか？ 生命科学系で画像解析といえば、ImageJ。 ImageJを使って細胞を計数する方法を、何回かに分けてまとめていきます。 この記事ではDAPIで核を染めた例を使って、...
実験データが出たら、統計処理をしますよね？ 統計処理をするときに出てくる、「パラメトリック」と「ノンパラメトリック」って何が違うのかわからないことがあるのでは無いでしょうか。 この記事では、パラメトリック検定とノンパラメトリック検定の違いについて簡単にまとめていきます。 「パラメトリック」「ノンパラメトリック」とは？ ...
大学の生命科学系の学科では必ず「（生物）統計学」という講義があって、統計学の基礎は学部生の間に習います。 が、実際に使う場面を想定した講義ではないため、多くの学生さんは試験が終わったらすぐに頭の中から記憶は消え失せてしまうのではないでしょうか？（わたしだけ？） 現役の研究者の中でも、出したデータをなんとなーく統計処理し...
生命科学のデータを出す時に、条件Aと条件Bを比較して違いがあるかどうかを示すことが多いのではないでしょうか？ 例えば、「薬剤を添加したもの、添加していないもの」、「変異があるか、ないか」、「変異型、野生型」などなど... 一般的に「違いがあるかどうか」を示す時には、仮説検定が行われます。 よく知られているものに、t検定...
他の人とは一味違うグラフが描きたい、統計解析をしっかりしたい方！ RStudioをインストールしましょう。 私は学生時代に「R」をインストールして使ったりしていたのですが、「R言語」に対する知識が無さすぎて、簡単な解析しかできませんでした... そもそも、「R」がプログラミング言語であることもよくわからずに使っていたん...
生命科学系の分野で、「画像解析」といえば「ImageJ」ですよね。 ImageJの上位互換で「Fiji」と言うソフトがあるのをご存知でしたか？ （実は、ImageJだけをずっと使い続けていた私は「Fiji」の存在を最近まで知りませんでした...） ImageJとFijiの違い、ImageJとFijiのインストールの仕方...
